根据协议，两省坚持“生态优先、绿色发展，保护责任共担、流域环境共治、生态效益共享”，以汉江干流跨省界的羊尾断面为责任断面，以水质类别和高锰酸盐指数、氨氮、总磷3项特征污染物浓度改善情况为补偿指标，分别计算水质类别达标补偿金和特征污染物浓度改善补偿金。值得一提的是，陕西省首次在补偿协议中引入污染物浓度改善情况指标，旨在通过区域间联防联控、协同共治，持续改善汉江流域生态环境质量，推动流域横向生态保护补偿制度改革。
汉江及其支流是南水北调中线工程的主要水源汇集区和供给地，其生态环境保护对维护国家生态安全、保障国家战略水源地水质安全具有重要意义。此次补偿协议的签订，将进一步强化陕鄂两省在汉江流域生态环境保护方面的合作，推动实现高水平保护与高质量发展的良性互动。
近年来，陕西省财政厅、省生态环境厅等相关部门积极推进流域横向生态保护补偿机制建设，全省上下游、左右岸、干支流协同的流域治理格局已初步形成，生态保护者和受益者良性互动的机制逐步健全，流域生态环境质量持续向好。2024年，陕西省101条河流227个国控、省控断面中，Ⅰ至Ⅲ类水质断面比例为96.9%，连续3年消除劣Ⅴ类水质断面。长江流域陕西境内46个国控断面水质全部达到Ⅱ类以上，其中8个断面水质达到Ⅰ类。
